8 февраля 2005 года по инициативе Фонда Гейдара Алиева состоялся «круглый стол на тему «Во имя жизни без талассемии»», посвященный проблемам талассемии. Представители различных международных организаций здравоохранения, функционирующего в нашей стране дипломатического корпуса, крупных местных и иностранных компаний, международные эксперты были проинформированы о том, что в ряде районов Азербайджана темпы распространения гена талассемии достигают рекордного показателя, среднее соотношение носителей талассемии и численности населения составляет 8 процентов, то есть каждый 12-й житель нашей республики является носителем этого патологического гена, и если профилактика талассемии в Азербайджане не будет организована должным образом, число больных, подверженных этому заболеванию, в течение 45 лет достигнет 16 тысяч человек.
Учитывая серьезность проблемы, Фонд Гейдара Алиева построил в Баку Центр талассемии с целью создания специализированного медицинского центра и банка крови в Азербайджане, развития добровольной донорской службы для обеспечения страдающих от талассемии детей безопасной и качественной кровью, просвещения населения в целях предупреждения распространения талассемии и расширения сотрудничества со странами, ведущими борьбу с талассемией.
Центр открылся 9 мая 2009 года.
Интерьеру и дизайну пятиэтажного здания уделено особое внимание. Помещения в центре расположены так, чтобы обеспечить удобство больным, с учетом последовательности обследования и лечения пациентов.
На первом этаже размещаются регистрационная, донорский центр, врачебные кабинеты, кабинет ультразвукового исследования, подсобные помещения, лаборатория. В лаборатории установлено необходимое оборудование, в частности, аппарат, автоматически определяющий группу крови. На втором этаже располагается поликлиника. Здесь функционирует кабинет главного врача, трансфузионный зал, состоящий из двух секций, клиника из 12 комнат, общая лаборатория, манипуляционный кабинет и кабинет лучевой диагностики. На третьем этаже находятся операционная для трансплантации костного мозга, пять одноместных реанимационных палат, два манипуляционных кабинета, стерилизационный центр, лаборатория молекулярной диагностики. На четвертом этаже центра имеются 13 двухместных и 4 одноместные палаты, игровая комната для детей. На пятом этаже действуют кафе, столовая, библиотека, интернет-центр, конференц-зал на 110 мест.