Heydər
Əliyev Fondu qeyri-hökumət, qeyri-kommersiya təşkilatıdır. Fondun strukturu
özündə kollegial və vahid hakimiyyətli rəhbərlik üsullarını birləşdirir.
Prezident
Prezident Fondun icraçı orqanıdır. Fondun prezidenti onun səlahiyyətli qanuni nümayəndəsidir. Prezident proqramların təsdiqlənməsi və onların həyata keçirilməsi üzrə ümumi rəhbərlik, Fondun fəaliyyətinin məqsədli prioritetlərinin, strukturunun və kadr tərkibinin müəyyən olunması və nizamnamə ilə müəyyən olunmuş digər məsələləri həll edir.
Heydər Əliyev Fondunun prezidenti Azərbaycan Respublikasının birinci xanımı Mehriban Əliyevadır.
İcraçı direktor
İcraçı direktor Fondun işinə bilavasitə rəhbərliyi, proqram və tədbirlərə nəzarəti həyata keçirir. O, Fondun prezidenti tərəfindən onun vəzifələri sırasına daxil edilmiş səlahiyyətlər çərçivəsində fəaliyyət göstərir və onun səlahiyyətləri sırasına daxil edilmiş məsələlər çərçivəsində Fondun səlahiyyətli nümayəndəsidir.
Heydər Əliyev Fondunun İcraçı direktoru Anar Ələkbərovdur.
Ekspert Şurası
Konsultativ qurum olan Ekspert Şurası qəbul olunan qərarların səmərəliliyini və effektivliyini təmin edir. Müxtəlif ixtisaslı ekspertlərdən təşkil olunmuş Ekspert Şurasının vəzifəsi müvafiq rəyləri, hesabatları və məruzələri hazırlayıb prezidentə təqdim etməkdən ibarətdir.
Konkret ixtisaslaşdırılmış funksiyaların və tapşırıqların yerinə yetirilməsi üçün Fondun strukturunda bir sıra qurumlar yaradılmışdır.
Təsisçi
Himayəçilik şurası
Təftiş komissiyası
Prezident
Vitse-prezident
Nümayəndəliklər
Ekspertlər şurası
İcraçı direktor
İnzibati idarə
Humanitar siyasət idarəsi